Creado el 10 de septiembre de 1969 por acuerdo de los rectores de la Universidad Católica de Valparaíso y de la Universidad Santa María, Raúl Allard y Jaime Chiang, y el vicerrector de la Universidad de Chile, Juan Araya, como Consejo Coordinador Universitario de Valparaíso. Secretario fue designado el profesor Leopoldo Sáez, (nombrado Ciudadano Ilustre de Valparaíso), permaneciendo en el cargo hasta comienzos de 1974. Lo reemplazó el profesor Véliz, hasta comienzos de 1983, fecha en que fallece, y es reemplazado por Kenneth Pugh, Profesor y Marino, quien invita a incorporarse a las reuniones, que se encontraban suspendidas, al rector de la Universidad de Valparaíso, Renato Damilano, y de la Academia de Estudios Pedagógicos, Olga Arellano, posteriormente Universidad de Playa Ancha.

El año 1974, el gobierno de turno suprimió la ley que permitía obtener recursos para la operación del Consejo (Ley 17.394 de 26 de diciembre de 1970, Art. 3°, letra d) motivo por el cual las personas que trabajaban en la oficina (aproximadamente 16) se redujeron sólo al secretario.

El Decreto Supremo N° 571 de fecha 12 de junio de 1978 del Ministerio de Educación Pública creó los Consejos Coordinadores Universitarios a lo largo del país y fue publicado en el Diario Oficial de la República de Chile el miércoles 13 de diciembre de 1978. A la fecha sólo se ha constituido el de Valparaíso, el que se rige por dicho DS.

En 1990 los rectores de las universidades Católica de Valparaíso, de Playa Ancha, de Valparaíso y Técnica Federico Santa María, Bernardo Donoso, Norman Cortés, Agustín Squella y Gustavo Chiang  deciden cambiar el nombre al Consejo por Consejo de Rectores de Valparaíso, e inscriben el nombre y logo en el Registro de Propiedades, siendo efectuado por el Departamento Jurídico de la Universidad de Valparaíso, quien archiva los antecedentes (poder notarial del 8 septiembre 1992, Notario Fischer)

Durante este período se acordó efectuar sesiones mensuales y crear diversas comisiones para coordinar actividades conjuntas, como ser Alerta (Sida), Deportes (Olimpíadas Universitarias Navales), Extensión (Conferencias, Seminarios, Conciertos). Relaciones Internacionales.

En Mayo de 2007 se aprueba la conformación de la Comisión MACRO, de acuerdo a lo propuesto en el Plan Estratégico 2013-2018, para proponer la integración de las diversas comisiones y grupos de trabajo, y presentar al Consejo los presupuestos de las actividades anuales, designándose a un profesional por cada Universidad.